萬芳醫院本著「社區為重，病人為尊」的精神，利用社區診斷、社區醫療、社區評量三個步驟，發展全面性的社區服務。在無公務預算補助下，每年編列大幅費用、 人力全力投入公共衛生服務，如傳染病防治、癌症防治、優生保健、各項健康保健教育講座等，積極辦理各項健康促進服務，平均一年辦理350場各項義診義檢衛教活 動。萬芳醫院的社區服務範圍由文山區拓展至外縣市其他地區，文山區以外的就醫民眾由過去的25%提升至40%。

萬芳醫院設置「社區健康促進發展委員會」，建構由預防醫學、醫療照護到疾病控制的完善健康服務。成立「文山區社區健康營造中心」，提供更完善的社區服務， 推動範圍包括：健康體能、健康飲食、健康心理衛生、健康生活習慣、健康環境等五大目標，促進社區居民「健康生活」、「健康人生」，成為融合健康社區的「健康醫院」。

萬芳醫院於2005年8月獲得世界衛生組織（World Health Organization, W.H.O.）之「健康促進醫院，Health Promoting Hospital, H.P.H.」認證，為亞洲第一家獲此殊榮之 醫院。未來將促進醫院工作人員、病人及其家屬的健康，建立一個健康的醫院環境。從促進病人、家屬乃至醫院員工的健康的角度，來提供醫療的服務，透過此成功推動 經驗，未來將更多臺灣的醫療機構推向國際舞臺。